En el caso de que haya desdoblamiento de Elecciones, esto quiere decir que los cargos provinciales (Gobernador, Senadores y Diputados provinciales, Intendente y Concejales) serán elegidos de forma independiente a los cargos nacionales (Presidente, Senadores y Diputados nacionales y Representantes del Mercosur), la Junta Electoral de la Provincia será quien administre, fiscalice y resuelva todo lo concerniente al proceso electoral provincial y municipal.

Tendrá a su cargo el nombramiento de las Autoridades de Mesa, la organización y funcionamiento de los comicios y los escrutinios provisorios. Controlará que los candidatos cumplan con todos los requisitos necesarios para presentarse en una lista. Estos son: No ser deudor alimentario, respeto de la paridad de género y cumplimiento de la ley de ficha limpia, entre otros. Luego de las elecciones entregará los diplomas a los candidatos electos.

Entre otras funciones, tiene a cargo el reconocimiento de partidos políticos provinciales y municipales, y durante el proceso electoral de las alianzas provinciales y municipales, control sobre los padrones de extranjeros elaborados por los Municipios y anualmente elabora el listado principal de ciudadanos para los juicios por jurados populares.